Берлин расположен на равнине, окружающей русло реки Шпре, приблизительно в 180 км от Балтики.  Эта река протекает через всю столицу. К западу от центра города, близ Шпандау, с ней соединяется река Хафель. Обе водные артерии в окрестностях Берлина протекают через ряд озер, окруженных небольшими рощами, оставшимися от древних лесов.

В Берлине господствует континентальный климат. Лето жаркое, зима холодная и снежная. В год выпадает в среднем 580 мм осадков. Среднесуточная температура летом находится в пределах +18° С, зимой опускается до -1° С.